Alfred Werner Maurer (* 3. Oktober 1945 in Saarbrücken) ist ein deutscher Architekt, Bauforscher, Archäologe und Kunsthistoriker.
Alfred Werner Maurer studierte von 1964 bis 1968 an der HTW in Saarbrücken, von 1969 bis 1970 an der Hochschule für Gestaltung Ulm, dem Institut für Umweltplanung der Universität Stuttgart und von 1970 bis 1972 an der Universität Innsbruck Architektur und an der Universität Kaiserslautern Stadt- und Raumplanung. Er erwarb den Diplom-Abschluss der Fachrichtung Architektur. Von 1973 bis 1977 studierte er an der Universität des Saarlandes Kunstgeschichte, Klassische Archäologie, Vor- und Frühgeschichte und Vorderasiatische Archäologie. Zu seinen Professoren zählten Wolfgang Götz, Rolf Hachmann, Friedrich Hiller, Hans Erich Kubach, Wilhelm Messerer, Winfried Orthmann, Frauke Stein und Peter Volkelt. Anschließend war er Doktorand bei Peter Volkelt mit dem Dissertationsthema „Schlossbauten des 19. Jh. in Frankreich“.
1973 nahm er als wissenschaftlicher Mitarbeiter der Universität des Saarlandes in Saarbrücken unter Leitung von Rolf Hachmann an den Ausgrabungen des Tell Kamid el-Loz (Kumidi) im Libanon teil. 1974 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter der Universität des Saarlandes an der von Winfried Orthmann geleiteten Ausgrabung der 5000 Jahre alte Stadtanlage Tall Munbāqa (auch Ekalte (Mumbaqat)) in Nordsyrien. 1977 wurde Maurer zum Grabungsleiter in Mumbaqat in Syrien für die Deutsche Orient-Gesellschaft und die Universität des Saarlandes berufen. Gleichzeitig übernahm er eine Stelle als Dozent für Städtebau, Architektur und Archäologie in seiner Heimatstadt. Zugleich war er als Architekt und Bauforscher tätig. Unter anderem war er in den 1980er Jahren an der Sanierung und Denkmalpflege des Saarbrücker Schlosses beteiligt.
Alfred Werner Maurer engagierte sich auch im Bereich des Sports, er war Vorstandsmitglied im Deutschen Fechter-Bund.